Ο Κώστας Αθανασάκης είναι Επιστημονικός Συνεργάτης του Τομέα Οικονομικών της Υγείας της Εθνικής Σχολής Δημόσιας Υγείας και Συνεργαζόμενο Μέλος του Διδακτικού και Ερευνητικού Προσωπικού του Ανοικτού Πανεπιστημίου Κύπρου. Κύριο αντικείμενό του, διδακτικά και ερευνητικά, αποτελεί η Αξιολόγηση της Τεχνολογίας Υγείας, η Φαρμακοοικονομία και η Πολιτική του Φαρμάκου. Πέραν των παραπάνω, τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα επεκτείνονται, επίσης, στην χρηματοδότηση των συστημάτων υγείας, την οικονομική ανάλυση των αγορών υγείας και την τεκμηριωμένη πολιτική υγείας (Evidence-Based Health Policy). Είναι μέλος (αντιπρόεδρος) της Ελληνικής Επιστημονικής Εταιρείας Οικονομικών και Πολιτικής Υγείας και της International Society for Pharmacoeconomics and Outcomes Research (ISPOR).